Pada Januari 2019 ia dilantik oleh Presiden Joko Widodo sebagai Kepala BNPB dan menginisiasi pembentukan Gugus Tugas Percepatan Penanganan Covid-19 yang selanjutnya menjadi Satuan Tugas Penanganan Covid-19 per Maret 2020. Ia bertugas di periode tahun 2019-2021.
Wajah Doni kerap muncul di televisi menyampaikan kabar perkembangan penanganan Covid-19.
Doni juga ikut merancang strategi penanganan Covid-19. Bahkan menurut informasi, Doni nyaris tak pernah pulang ke rumah saat menjalankan tugas sebagai Ketua Satgas Covid-19.
Ketika bertugas sebagai Kepala BNPB, Doni Monardo sempat mendapatkan penghargaan dari Presiden Jokowi.
Penghargaan penanggulangan Covid-19 tersebut diberikan pada Maret 2023 sebagai berkat strategi Pentahelix menitikberatkan dalam semangat kegotongroyongan seluruh sumber daya.
Adapun kerjasama tersebut meliputi kerja sama dari pemerintah daerah, masyarakat, media pakar, akademisi, hingga sektor swasta.
Selain itu, pada bulan Februari 2021 ia juga sempat mendapatkan anugerah medali emas Dewan Pers dalam rangkaian acara Hari Pers Nasional 2021.
Ia dianggap berjasa dan berperan penting dalam membangun kerja sama dengan pers melalui program sosialisasi penanggulangan pandemi Covid-19.
Doni saat itu mengatakan bahwa medali emas tersebut ia tujukan untuk seluruh tim yang bekerja sama dalam penanganan pandemi.
“Ini bukan medali emas untuk saya pribadi, tetapi medali emas untuk tim yang telah bekerja sama sejak awal pandemi Covid-19. Selama penanganan dan ke depan,” katanya dalam edaran BNPB saat itu.
