Sejak terbentuknya Kota Balikpapan berdasarkan undang-undang nomor 27 tahun 1959 tentang penetapan undang-undang darurat nomor 3 tahun 1953, tentang pembentukan daerah tingkat II di Kalimantan, Kota ini telah dipimpin oleh 11 (sebelas) Wali Kota, yaitu:
1). Ha.R.S.Muhammad (1960 – 1963)
2). Mayor TNI. Ad Bambang Soetikno (1963 – 1965)
3). Mayor TNI. Ad Imat Saili (1965 – 1967)
4). Mayor Pol. Zainal Arifin (1967 – 1973)
5). Letkol. Pol. H. M. Asnawi Arbain (1974 – 1981)
6). Kol. Czi. TNI. Ad. Syarifudin Yoes (1981 – 1989)
7). H. Hermain Okol (sebagai plt.Walikota (1989-1991)
8). Kol.Inf.H.Tjutjup Suparna (1991 – 2001)
9). H. Imdaad Hamid dan H.M. Mukmin Faisal (2001 -2006)
– H Imdaad Hamid dan H.M. Rizal Effendi (2006-2011)
10). H.M. Rizal Effendi dan H Heru Bambang (2011-2016)
-H M. Rizal Effendi dan H. Rahmad Mas’ud (2016-2021)
11). H. Rahmad Mas’ud (2021- sekarang)
“Kepada para pemimpin terdahulu yang telah berpulang, mari kita do’akan bersama, semoga pengabdian beliau menjadi amal ibadah dan mendapatkan tempat yang sebaik-baiknya di sisi tuhan yang mahakuasa,” terangnya.
“Kepada para pemimpin yang masih berada di tengah-tengah kita, mari kita do’akan bersama semoga selalu diberikan kesehatan dan senantiasa dapat memberikan sumbangsih ide, pemikiran, masukan, serta nasihat kepada kita semua untuk Kota Balikpapan yang lebih baik,” ucapnya.
