Disamping lirik Marilah Kita Berseru Indonesia Bersatu, stanza versi pertama ini menggarisbawahi lirik yang lain yaitu Bangunlah Jiwanya Bangunlah Badannya.
Kalimat lirik ini rupanya posisi awalnya terbalik, awalannya berbunyi Bangunlah Badannya Bangunlah Jiwanya.
Peralihan posisi ini rupanya atas instruksi Ir. Soekarno, yang ketika itu menilai tidak dapat membangun fisik yang mumpuni saat sebelum membangun jiwanya lebih dulu.
Selanjutnya pada Indonesia Raya stanza versi dua, ada lirik yang mengeluarkan bunyi Marilah Kita Mendoa, Indonesia Berbahagia memiliki filosofi nilai spiritual karena ditulis dengan tujuan sebagai doa agar Indonesia selalu hadir sebagai negara yang bahagia.
Selanjutnya, dalam Indonesia Raya versi stanza yang ketiga ada kalimat lirik Marilah Kita Berjanji Indonesia Abadi yang disebut memiliki makna simbolik atas sumpah setia.
Selanjutnya lirik Slamatlah Rakyatnya, Slamatlah Putranya, Pulaunya, Lautnya, Semua merujuk pada Indonesia sebagai negara agraris, tetapi tidak hanya terbatas pada tanahnya saja.
Tetapi semua elemen yang ada di Indonesia, dimulai dari tanah, laut, sampai langitnya.
