Ia kemudian terpilih sebagai Presiden Iran dalam pemilihan umum pada November 1981. Semasa menjabat sebagai presiden, Ali Khamenei memimpin Iran di tengah perang melawan Irak
Setelah wafatnya Ruhollah Khomeini pada 1989, Majelis Ahli Iran setuju menunjuk Ali Khamenei sebagai Pemimpin Tertinggi Iran yang baru.
Khamenei berhasil mengonsolidasikan kekuasaan politik dan agama serta menegaskan pengaruh yang kuat di bidang militer, pengadilan, hingga kebijakan luar negeri.
Ia merupakan pelopor dari “Poros Perlawanan” (Axis of Resistance) untuk melawan AS dan Israel.
Dengan menjadikan kelompok bersenjata seperti Hizbullah di Lebanon dan Houthi di Yaman sebagai sekutu di poros tersebut, Ali Khamenei menjadi tokoh kunci yang menentukan posisi Iran dalam konflik di Timur Tengah.
Untuk mengatasi masalah ekonomi akibat sanksi berat dari Barat, Khamenei mendorong konsep “ekonomi perlawanan” yang meliputi peningkatan produksi domestik, pengurangan ketergantungan ekspor minyak, dan mendorong pengembangan berdikari dari pengaruh Barat.
Khamenei terus mendukung pengembangan nuklir Iran sebagai simbol kedaulatan ilmiah dan kekuatan nasional, tetapi ia menolak senjata nuklir dan mengumumkan sebuah fatwa yang melarang pengembangan senjata nuklir oleh Iran.
Demi meredakan sanksi internasional, Iran bersama lima negara anggota tetap Dewan Keamanan PBB dan Uni Eropa berhasil menyepakati Rencana Aksi Komprehensif Bersama (JCPOA) pada 2015, yang menegaskan komitmen pencabutan sanksi Barat sebagai timbal balik atas komitmen Iran mengurangi intensitas pengembangan nuklirnya.
Namun, kesepakatan itu pupus di tengah jalan menyusul keputusan AS, di masa kepemimpinan pertama Trump, menarik diri pada 2018 dan kembali memberlakukan sanksi penuh terhadap Iran. Pada 2025, Pemerintah Iran pun menyatakan mundur dari JCPOA.
Kepemimpinan Khamenei juga tak luput dari pergolakan sipil, seperti unjuk rasa pascapemilu 2009, kemudian protes 2019—2020, protes Mahsa Amini 2022, serta unjuk rasa terbaru yang bermula Desember 2025.
Keputusan pemerintah Iran yang memberi lampu hijau untuk meredakan protes dengan cara kekerasan mengundang kecaman luas dari berbagai pihak, terlebih dari negara-negara Barat.
Di tengah sanksi Barat yang menimbulkan kegamangan ekonomi dan protes masyarakat, tak sedikit pihak yang berupaya memanfaatkan kesempatan merongrong kekuasaan Khamenei, seperti AS dan Israel yang meluncurkan serangan selama 12 hari ke Iran pada pertengahan 2025.
