Kepala Badan Otorita IKN berkedudukan setingkat menteri, ditunjuk, diangkat, dan diberhentikan oleh presiden setelah berkonsultasi dengan DPR.
Dalam melaksanakan tugasnya, Kepala Otorita IKN dibantu oleh Wakil Kepala Otorita.
Menurut UU IKN, perihal struktur organisasi, tugas, wewenang, dan tata kerja Otorita IKN bakal diatur dengan peraturan presiden.
Namun demikian, dalam UU tersebut dimuat sejumlah wewenang kepala otorita seperti menetapkan lokasi pengadaan tanah di ibu kota baru dan memberikan persetujuan pengalihan hak atas tanah (HAT) di IKN.
Kemudian, menjadi pengelola keuangan negara dalam rangka persiapan, pembangunan, dan pemindahan ibu kota negara, serta penyelenggaraan IKN.
